ROSECODE 367
DNA序列比对
DNA sequences alignment
给定两条核酸序列,我们尝试以尽可能最好的方式比对它们。
我们可以在两个序列中插入任意数量的间隙。
我们使用以下规则:
- 如果在给定位置的酸相同,我们计数 +2
- 如果在给定位置的酸不同,我们计算 -1
- 如果一根字符串中有间隙,我们会计算 -2
例如,考虑以下两个序列:
最佳比对的得分是多少以及两个比对序列中相同的酸的数量?
答案格式:逗号分隔
示例:3,6 // 对于序列 GAATTCAGTTA 和 GGATCGA
[我的时间:< 1 秒]
我们使用以下规则:
- 如果在给定位置的酸相同,我们计数 +2
- 如果在给定位置的酸不同,我们计算 -1
- 如果一根字符串中有间隙,我们会计算 -2
例如,考虑以下两个序列:
- 盖特卡格塔
- GGATCGA
GAATTCAGTTA GGA-TC-G--A得分为 3
- G G +2
- A G -1
- A A +2
- T - -2
- T T +2
- C C +2
- A - -2
- G G +2
- T - -2
- T - -2
- A A +2
'GTAATAGACTCGGAAACGCAACCGTCAGCAAAACGCGTTCGGTCGATCGTAATATGTAAGATCCAATTAGGGCGACCTCTTGTGCGGTCAGTAGGAGTCT' 'ATAACTCTGAATCCCCCGACGTGTCGTGATGGGCGACGGACGGCACCCTTAACGTGATCCTGAACTCCCGTGGGGACCGTTGTCGGTAATGCAGGGTGTG'
最佳比对的得分是多少以及两个比对序列中相同的酸的数量?
答案格式:逗号分隔
示例:3,6 // 对于序列 GAATTCAGTTA 和 GGATCGA
[我的时间:< 1 秒]